Bij Optimus staan de leerling en de leerkracht centraal. Directeur, ib'er en ondersteunend personeel zorgen dat de leerkracht zijn werk zo goed mogelijk kan doen. Achter de scholen staat het bestuur, de staf en diverse organen om alle processen die het primaire proces dienen optimaal in te richten, uit te voeren en te controleren.
Het College van Bestuur is het bevoegd gezag van Optimus en daarmee eindverantwoordelijk voor de kwaliteit van organisatie en onderwijs bij Optimus. Dit betekent dat het College van Bestuur verantwoordelijk is voor het strategische integrale beleid, de realisatie van de koers, de kwaliteit van het onderwijs op de scholen, de interne en extere communicatie en het behartigen van de belangen van Optimus.
De Raad van Toezicht vertegenwoordigt de samenleving en heeft als kerntaak het houden van toezicht op de organisatie, meer specifiek op de wijze waarop de organisatie wordt bestuurd. Daarnaast is de Raad van Toezicht werkgever en klankbord van de leden van het College van Bestuur.
De schooldirecteuren komen geregeld bij elkaar in het directieberaad overleg (DBO). Onder voorzitterschap van de bestuurders spreken zij samen over onderwijs en ontwikkelingen. Het DBO is beleidsafstemmend, voorbereidend en adviserend aan de bestuurders.
De bestuurders en de schooldirecteuren worden ondersteund door een groep medewerkers, die samen het bestuurskantoor vormen.
Optimus heeft een gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (GMR). De GMR adviseert en oordeelt over bovenschoolse aangelegenheden. De bevoegdheden van de GMR staan omschreven in een GMR-reglement. Afhankelijk van het onderwerp betreft dit een advies dan wel beslissingsbevoegdheid. Daarbij kan er verschil zijn in de bevoegdheden van de personeelsgeleding of de oudergeleding.